Die PHO wurde zur Saison 2015/16 auf Initiative von Orchestermitgliedern gegründet und wird durch deren ehrenamtliches Engagement getragen.

Die Leitung hat ein Akademievorstand inne. Er besteht aus drei Vertretern des Frankfurter Museums- und Opernorchesters, einem Vertreter der Oper Frankfurt sowie einem Vertreter der Frankfurter Museums-Gesellschaft e.V.

Die derzeitigen Mitglieder des Akademievorstandes sind:
Bogdan Michael Kisch, Christine Schwarzmayr, Peter Szasz (Orchester)
Thomas Stollberger (Oper),  Dr. Burkhard Bastuck (Museums-Gesellschaft)

Die PHO ist eine nicht rechtsfähige Organisationseinheit der Frankfurter Museums-Gesellschaft e.V. unter Mitwirkung der Oper Frankfurt und des Frankfurter Opern- und Museumsorchesters.